醫療保健設施中使用的大多數醫療和手術設備都是由熱穩定的材料制成，因此需要進行加熱（主要是蒸汽）滅菌。然而，自1950年以來，由需要低溫消毒的材料（例如塑料）制成的醫療器械增加。環氧乙烷氣體自20世紀50年代以來一直用于熱敏和濕敏醫療器械。在過去的15年中，已經開發了許多新的低溫滅菌系統（例如過氧化氫氣體等離子體，過乙酸浸泡，臭氧），并正在用于滅菌醫療設備。
 
滅菌消滅物品表面或流體中的所有微生物，以防止與使用該物品相關的疾病傳播。雖然使用經過充分滅菌的重要物品代表了傳播病原體的高風險，但記錄下與未充分滅菌的關鍵物品相關的病原體傳播極為罕見。這可能是由于與醫療機構使用的滅菌過程相關的安全邊緣。將什么構成“無菌”的概念被測量為每個要消毒的物品的無菌概率。這種可能性通常稱為產品的無菌保證水平（SAL），定義為滅菌后產品上存在單一活菌的可能性。SAL通常表示為10- n。例如，如果孢子存活的概率是百萬分之一，則SAL將是10 -6。簡而言之，SAL是整個滅菌過程的致死率估計值，是一個保守的計算。雙SAL（例如10 -3SAL用于血培養管，引流袋; 10 -6 SAL用于手術刀，植入物）在美G已經使用了很多年，選擇10 -6 SAL是嚴格任意的并且與任何不良結果（例如，患者感染）無關。
與無菌人體組織或液體接觸的醫療設備被視為重要項目。這些物品在使用時應該是無菌的，因為任何微生物污染都可能導致疾病傳播。這些物品包括手術器械，活檢鉗和植入式醫療器械。如果這些物品是耐熱的，推薦的滅菌過程是蒸汽滅菌，因為它的可靠性，一致性和致命性，它具有**大的安全邊界。但是，再加工熱敏和濕敏物品需要使用低溫滅菌技術（例如環氧乙烷，過氧化氫氣體等離子體，過乙酸）。